一、合格的被征收房屋的确定
根据《土地管理法》、《城乡规划法》的规定，在集体土地上修建房屋首先必须取得宅基地使用权证和乡村规划许可，而仅宅基地使用权证的取得程序就相当复杂，农户须先向村集体申请，再由村集体报乡或镇人民政府审核，最后由县人民政府土地管理部门批准。同时，基层地方政府考虑到农户居住的刚性需求，对农户建房基本上也持放任态度。因而，农户修建房屋比较随意，经过正式申请审批的很少，乱修乱建的情况普遍存在。
除须取得宅基地使用权证和规划许可外，在集体土地上修建房屋还必须符合一户一宅要求，且宅基地面积和房屋修建面积也必须符合地方性法规和规章的标准。《贵州省土地管理条例》第30条规定，农村村民建住宅的用地限额 ，城市郊区、坝子地区每户不得超过130平方米。《 贵阳市村民住宅确权管理办法》规定，每户的建筑面积不得超过240平方米。在征收工作中，我们发现，有的一户就修建了一千多平米的房屋，也有的一户修建了几处房屋。这些情况都不符合法律、法规及规章的规定，一般是无法取得房屋所有权证书的。
在实际的征收补偿程序中，征收部门先对拟征收区域内农房进行确权(即对农房进行测量、拍照、确定修建人)，确权工作结束后，再发布征收公告，正式进行征收补偿签约的工作。对已经确权的农房，以每户240平方米按征收补偿方案规定进行补偿，超过240平方米的部分按成本价计算补偿款;对在征收公告发布后抢修抢建的房屋则不予补偿。也就是说，对于没有取得房屋所有权证书的农房，房屋征收部门基本持承认所有权的态度。
然而，在司法实践中，人民法院对无证农房的所有权归属争议一般都判决驳回诉讼请求，裁判理由在于财产所有权的取得不符合《民法通则》第72条、《物权法》第7条的规定。 在涉及农房分割的离婚诉讼中，法院一般仅判决一方当事人有居住权。
二、“假离婚”分户后，房屋征收补偿面积的确定
根据户籍制度，离婚可以达到分户的目的，即一对农村夫妇离婚后，从一户变成两户。贵阳地区房屋的征收是以每户240平方米为标准，超出240平方米的部分补偿费是非常低的。而绝大多数农房的面积远超240平方米，一般都有五六百平米，如果离婚可以多一个户头，那么两个户头就可以按480平方米进行补偿。于是，只要某地有征收传闻，家家户户都去民政局协议离婚，而不论年龄大小。
笔者看到多份这种“假离婚”的协议书，对农房的分割无外乎两种约定：一是无夫妻共同财产可供分割，二是夫妻各方一人一层或一人一半。但征收部门是不管农房是如何分割的，只要有离婚分户，就多算240平方米。
征收部门的这种处理方法是明显违背《婚姻法》有关财产分割的精神。根据《婚姻法》的规定，夫妻共有房屋的分割，只能是夫妻一方取得整座农房的所有权，另一方得到一定货币或其他财产作为补偿，而不能约定取得该座农房一半或一层之所有权。因而，正确的做法是，对超过240平方米的夫妻共有农房，只能以一户的标准即240平方米予以征收补偿。
当然，对这类问题的处理的前提是农房是合法财产，如不是合法财产，严格适用《婚姻法》的规定进行分割似乎亦有问题，但在当前农房普遍无产权证的情况下，亦无更好的办法。
三、征收协议签订后，被征收人拒绝履行协议的处理
在征收实务中，常常有被征收人与征收部门签订征收补偿协议后反悔，拒不搬迁。在新《行政诉讼法》修订前，因征收补偿协议发生的纠纷都是按民事合同处理，一方不履行协议另一方可以提起民事诉讼。但是，2015年实施的新《行政诉讼法》，将征收补偿协议认定为行政合同，规定，征收部门不按约定履行义务的，被征收人应当提起行政诉讼。而被征收人不履行征收补偿协议约定的义务，征收部门可以提起行政诉讼吗?当然不能，因为，我国的行政诉讼只能民告官，不能官告民。那如何处理呢?只能由征收部门申请法院强制执行。
由此，《国有土地上房屋征收与补偿条例》第25条第2款有关“补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。”的规定就有问题了，明显与《行政诉讼法》第12条相冲突。
结语：房屋征收中的疑难法律问题比较多，笔者仅选取了在本区域比较重要又比较常见的三个问题作了分析。笔者认为，当务之急是应当尽快把农房财产权的合法化作为一个体系来建设，进而彻底解决农房征收、抵押及出卖的问题。
